Unutrašnji dokumenti nevladine organizacije moraju da odrede glavne principe i pravila rada organizacije kao što su: misija, najviši upravni organ i odnos sa drugim strukturama unutar organizacije, nadležnosti i odgovornosti svakog organa, način donošenja odluka, mandate najvišeg organa, minimalan broj godišnjih sastanaka, način oganizovanja sastanaka, pravila o upravljanju sukobima interesa, pravila učlanjenja, gašenje organizacije itd.

Osnovni dokumenti NVO, akt osnivanja, statut, pravilnik rada, pravilnik o finansijskom upravljanju, etički kod, upravljanje sukobima interesa stvaraju osnovu dobrog unutrašnjeg upravljanja nevladine organizacije.

Udruženje ili fondacija se osniva putem osnivačkog akta koji sadrži službeno ime, službenu skraćenicu kao i službenu oznaku oganizacije; organizacioni oblik (udruženje ili fondacija); adresu organizacije; cilj organizacije i aktivnosti; naziv i adresu osnivača i ime, adresu i druge kontaktne informacije ovlašćenog predstavnika. Fondacija se može osnovati testamentom, ili nasledstvom, ako sadrži informacije predviđene zakonom.

Statut    

Statut, kao glavni dokument unutrašnjeg regulisanja NVO-a, osim podataka o aktu osnivanja, mora da sadrži makar i procedure za biranje i udaljavanje članova (samo za udruženja), uslove za učlanjenje (samo za udruženja), procedure za biranje i udaljavanje članova Odbora (za udruženja samo u slučajevima kada se osniva Odbor- kao posrednik), podelu nadležnosti i odgovornosti između Opšte skupštine članova odbora (samo za udruženja), nadležnosti i odgovornosti glavnih službenika, način donošenja odluka i pravila i procedure za promenu akta osnivanja i statuta. Takođe, moraju se napisati pravila o udruživanju, podeli ili gašenju organizacije i podeli sredstava koja ostaju nakon gašenja.

Pravilnik o radu 

Organizacije koje imaju stalno osoblje moraju da odrede sva osnovna pravila o radu osoblja kao na primer zapošljavanje, radno vreme, plaćanje, ponašanje, poverljivost, odmore, prava i obaveze osoblja i drugo. Svaki angažovani radnik sa punim ili skraćenim radnim vremenom mora da ima ugovor o radu, gde se jasno određuje položaj, odgovornosti, zadaci određenog položaja, dok je pravilnik o radu sastavni deo ugovora.

Cilj pravilnika je da se odrede administrativne procedure NVO-a i norme ponašanja na radnom mestu. Zaposleni moraju da se ponašaju u skladu sa ovim Pravilnikom o radu, tokom svakodnevnog radnog dana.

Finansijski propisi 

Većina NVO-a, da bi ostvarila svoje aktivnosti, koriste finansijska sredstva, dok neke druge često dobrovoljno vrše svoje aktivnosti. Sve NVO koje koriste finansijska sredstva za svoje aktivnosti, moraju da imaju pravilno finansijsko upravljanje. Uopšteno, moraju se poštovati međunarodni principi računovodstva i zakonodavstvo koje je na snazi na Kosovu. Svaka NVO mora da ima svoj žiro-račun i sav novac (donacije) se prima samo putem banke. Takođe mora da se nastoji da se sve uplate vrše preko banke, osim malih troškova koje je nemoguće platiti u banci. Sve uplate moraju da se izvrše samo na osnovu redovnih faktura ili ugovora o uslugama, dok se svaka uplata mora ovlastiti od strane Izvršnog direktora ili finansijskog upravnika. O svim finansijskim transakcijama se moraju voditi poslovne knjige (uglavnom u specifičnim finansijskim programima), dok organizacija mora pripremati redovne izveštaje o svim prihodima i uplatama (minimalno jednom godišnje). Izveštaji se moraju predati i odobriti od strane najvišeg organa organizacije, ali je poželjno da budu javni. Organizacije sa Statusom javne koristi koji imaju godišnji promet od preko 100,000 evra su obavezne da budu podvrgnute godišnoj reviziji od strane nezavisnih ovlašćenih revizora, ali je poželjno da i druge organizacije vrše redovne revizije projekata i cele organizacije.

Najmoćnije organizacije je poželjno da imaju poseban finansijski pravilnik, u kojem se određuju sva detaljna pravila finansijskih procedura za sve moguće slučajeve prihoda i uplata. U finansijskom pravilniku, sva pravila koja su gore navedena moraju da budu detaljna da bi omogućila lakše finansijsko upravljanje.

Etički kodeks

Etički kodeks je zasnovan na principima etičkog i demokratskog ponašanja unutrašnjeg upravljanja. Etički kodeks treba da odslikava posvećenost organizacije prema etičkim principima u svojim pokušajima da ispune misiju organizacije. Etički kodeks ima za cilj postavljanje i poštovanje pravila ponašanja, u službi zadatka za zaštitu prava i osnovnih sloboda zaposlenih. Kodeks pomaže da se svim članovima organizacije odrede uloge i odgovornosti, kao i u vezi sa drugim članovima, partnerima i organizacijama. Etički kodeks je velika oblast, gde mali elementi imaju veliki uticaj na zaposlene, na odnose na poslu sa drugim članovima, kolegama i javnosti.

Sukob interesa 

Sukob interesa se definiše kao interes jednog člana osoblja ili Odbora u određenoj aktivnosti koja rezultira direktnom ili indirektnom ličnom koristi. Zakon o slobodi udruživanja u NVO-e, član 14, precizira da se “nijednom članu upravnih organa ne dozvoljava učešće u diskusiji ili donošenju odluka o pitanjima gde on ima direktan ili indirektan ekonomski interes”, da bi se izbegla svaka mogućnost sukoba interesa.  Član upravnog organa se smatra da ima ekonomski interes ako on/ona ili bilo koji član njegove porodice ima direktan ili indirektan ekonomski interes.

Takođe, svaka transakcija između NVO-a i jedne druge povezane organizacije, ili između NVO-a i članova, službenika, članova odbora ili njenih zaposlenih je zabranjena pomenutim Zakonom, osim ako upravni organ odluči, nakon osnovane istrage, da je transakcija od interesa, da je pravilna i osnovana za NVO i da NVO ne bi mogla da osigura povoljniji sporazum uz rezumne napore i unutar postojećih okolnosti.

Svaki mogući sukob interesa mora da se prijavi od strane osobe ili osoba na koje se to odnosi. Tokom sastanaka Odbora, u službenom zapisniku treba da bude zapisano da je sukob interesa prijavljen. Osoba na koju se sukob interesa odnosi nije učestvovala u završnoj diskusiji i nije glasala o tom pitanju.