Iako postoje razlike, zavisno od vrste organizacije, osnovna načela unutrašnjeg upravljanja za organizacije civilnog društva su: postojanje jedne jasne misije i delovanje u okviru te misije, postojanje unutrašnjih podeljenih i jasnih struktura, odnos najvišeg upravnog organa prema drugim strukturama unutar organizacije, redovno finansijsko upravljanje, transparentnost i odgovornost prema zainteresovanim stranama, etički standardi rada i ponašanja, način donošenja odluka, pravila o upravljanju sukobom interesa, pravila o učlanjenju itd.