Edhe pse ka dallime varësisht nga lloji i organizatës, prarimet kryesore të qeverisjes së brendshme për organizatat e shoqërisë civile janë: ekzistenca e një misioni të qartë dhe veprimtaria në kuadër të atij misioni, ekzistenca e strukturave të brendshme me përgjegjësi të ndara dhe të qarta, raporti i organit më të lartë udhëheqës me strukturat e tjera brenda organizatës, menaxhimi i rregullt financiar, transparenca dhe llogaridhënia ndaj hisedarëve, standardet etike të punës dhe sjelljes, mënyra e vendimmarrjes, rregullat për menaxhimin e konfliktit të interesit, rregullat për anëtarësim etj.