Dokumentet e brendshme të organizatës joqeveritare duhet të përcaktojnë parimet dhe rregullat kryesore të punës së organizatës, si: misionin, organin më të lartë udhëheqës dhe raportet me strukturat e tjera brenda organizatës, kompetencat dhe përgjegjësitë e secilit organ, mënyrën e vendimmarrjes, mandatin e organit më të lartë, numri minimal i takimeve vjetore, mënyra e thirrjes së takimeve, rregullat për menaxhim të konfliktit të interesit, rregullat e anëtarësimit, shuarjen e organizatës, etj.

Dokumentet themelore të OJQ-së, Akti i themelimit, Statuti, Rregullorja e punës, Rregullorja për menaxhim financiar, Kodi etik, Menaxhimi i konfliktit të interesit, krijojnë bazën për qeverisje të mirë të bredshme të organizatës joqeveritare.

Shoqata ose fondacioni themelohet nëpërmjet aktit themelues që përmban emrin zyrtar, shkurtesën zyrtare, si dhe simbolin zyrtar të organizatës; formën organizative (shoqatë, fondacion); adresën e organizatës; qëllimet e organizatës dhe aktivitetet; emrat dhe adresat e themeluesve dhe emrin, adresën dhe informata të tjera kontaktimi të përfaqësuesit të autorizuar. Fondacioni mund të themelohet edhe me testament, apo me lënie të trashëgimisë, në qoftë se ai përmban informatat e përcaktuara me ligj.

Statuti
Statuti si dokument kryesor i rregullimit të brendshëm të OJQ-ve, përveç të dhënave të aktit themelues, duhet të përmbajë të paktën edhe procedurat për zgjedhjen dhe largimin e anëtarëve (vetëm për shoqata), kushtet për anëtarësim (vetëm për shoqata), procedurat për zgjedhjen dhe largimin e anëtarëve të Bordit (për shoqata vetëm në rastet kur themelohet Bordi – si organ i ndërmjetmë), ndarjen e kompetencave dhe përgjegjësive ndërmjet Kuvendit të Përgjithshëm të anëtarëve dhe Bordit (vetëm për shoqata), kompetencat dhe përgjegjësitë e zyrtarëve kryesorë, mënyrën e marrjes së vendimeve dhe rregullat e procedurat për ndryshimin e aktit themelues dhe statutit. Po ashtu duhet të shkruhen rregullat për bashkimin, ndarjen ose shuarjen e organizatës dhe shpërndarjen e mjeteve që mbesin pas shuarjes.

Rregullorja e punës
Organizatat të cilat kanë staf të përhershëm duhet të përcaktojnë të gjitha rregullat bazë të punës së stafit, si p.sh. rekrutimi, orari i punës, pagesa, sjellja, konfidencialiteti, pushimet, të drejtat dhe obligimet e stafit, etj. Secili punëtor i angazhuar me orar të plotë ose gjysmë orari duhet të ketë kontratën e punës, ku specifikohen qartë pozita, përgjegjësitë, detyrat e pozitës së caktuar, ndërsa Rregullorja e Punës është pjesë përbërëse e kontratës.

Qëllimi i Rregullores është që t’i përcaktojë procedurat administrative të OJQ-së dhe normat e sjelljes në vendin e punës. Të punësuarit duhet t’i referohen Rregullores në punën e tyre të përditshme.

Rregullorja financiare
Shumica e OJQ-ve, për të realizuar aktivitetet e tyre, shfrytëzojnë mjete financiare – ndërsa disa të tjera shpeshherë zhvillojnë aktivitete plotësisht vullnetare. Të gjitha OJQ-të që shfrytëzojnë mjete financiare për aktivitetet e tyre duhet të kenë menaxhim financiar të duhur. Në përgjithësi, duhet të respektohen parimet ndërkombëtare të kontabilitetit, si dhe legjislacioni në fuqi në Kosovë. Secila OJQ duhet të ketë xhirollogari bankare dhe të gjitha të hollat (donacionet) t’i pranojë vetëm nëpërmjet bankës. Gjithashtu duhet të synohet që të gjitha pagesat të bëhen nëpërmjet bankës, përveç shpenzimeve të imëta, të cilat është e pamundur të paguhen me bankë. Të gjitha pagesat duhet të bëhen vetëm në bazë të faturave të rregullta ose kontratave mbi shërbime, ndërsa secila pagesë duhet të autorizohet nga drejtori ekzekutiv dhe menaxheri financiar. Për të gjitha transaksionet financiare duhet të mbahen librat e kontabilitetit (zakonisht në programe specifike financiare), ndërsa organizata duhet të prodhojë raporte të rregullta për të gjitha të hyrat dhe pagesat (minimumi një herë në vit). Raportet duhet të dorëzohen dhe të aprovohen nga organi më i lartë i organizatës, ndërsa preferohet që ato të jenë publike. Organizatat me status të përfitimit publik që kanë qarkullim vjetor mbi 100.000 euro janë të obliguara t’i nënshtrohen auditimit vjetor nga auditorë të pavarur të certifikuar, ndërsa preferohet që edhe organizatat e tjera të bëjnë auditime të rregullta të projekteve dhe të gjithë organizatës.

Organizatat më të fuqishme preferohet që të kenë rregullore të veçantë financiare, në të cilën përcaktohen të gjitha rregullat e detajuara të procedimit financiar për të gjitha rastet e mundshme të të hyrave dhe pagesave. Në Rregullorën financiare, të gjitha rregullat e përmendura më lart gjenden të detajuara ashtu që të mundësojnë menaxhim më të lehtë financiar.

Kodi etik
Kodi etik është baza e veprimit mbi parimet etike dhe demokratike të qeverisjes së brendshme. Kodi etik duhet të pasqyrojë përkushtimin e organizatës ndaj parimeve etike në përpjekjet e tyre për të përmbushur misionin e organizatës. Kodi etik synon vendosjen dhe respektimin e rregullave të sjelljes, në shërbim të detyrës për mbrojtjen e të drejtave dhe lirive themelore të punonjësve. Kodi ndihmon që të gjithë anëtarët e organizatës të përcaktojnë rolin dhe përgjegjësitë, si në lidhje me anëtarët e tjerë, partnerët dhe organizatën. Kodi Etik është një fushë e gjerë, ku elemente të vogla kanë ndikim të madh tek punonjësit, në marrëdhëniet në punë me anëtarët e tjerë, kolegët dhe publikun.

Konflikt i interesit
Konflikti i interesit përcaktohet si interes nga një anëtar i stafit ose bordit në një veprim që rezulton në përfitim direkt apo indirekt personal. Ligji për Lirinë e Asociimit në OJQ, neni 14, specifikon që “asnjë anëtari të organit drejtues nuk i lejohet të marrë pjesë në diskutim apo në marrjen e vendimit për çështje ku ai ka interes direkt apo indirekt ekonomik”, që të mënjanohet çdo mundësi e konfliktit të interesit. Anëtari i organit drejtues konsiderohet se ka interes ekonomik nëse ai/ajo ose cilido anëtar i familjes së tij ka interes direkt apo indirekt ekonomik.

Po ashtu, çdo transaksion ndërmjet OJQ-së dhe një organizate tjetër të ndërlidhur, apo ndërmjet OJQ-së dhe anëtarëve, zyrtarëve, anëtarëve të bordit ose punonjësve të saj ndalohet me Ligjin e lartcekur, përveç nëse organi drejtues vendos, pas hetimeve të arsyeshme, se transaksioni është në interes, i drejtë dhe i arsyeshëm për OJQ-në dhe se OJQ-ja nuk kishte mundur të siguronte marrëveshje më të favorshme me përpjekje të arsyeshme dhe brenda rrethanave ekzistuese.

Çdo konflikt i mundshëm i interesit duhet të deklarohet nga personi apo personat në fjalë. Gjatë mbledhjes së bordit, në procesverbal zyrtar duhet të reflektohet se konflikti i interesit ishte deklaruar. Personi që kishte konflikt interesi nuk ka marrë pjesë në diskutim përfundimtar dhe nuk ka votuar për atë çështje.