OJQ-të që shfrytëzojnë mjete financiare për aktivitetet e tyre duhet t’u nënshtrohen rregullave të menaxhimit financiar. Këto rregulla përfshijnë parimet ndërkombëtare të kontabilitetit, si dhe legjislacionin në fuqi në Kosovë. Secila OShC e regjistruar duhet të ketë xhirollogari bankare dhe të gjitha të hollat t’i pranojë vetëm përmes bankës. Po ashtu, duhet të synohet që të gjitha pagesat e bëra nga OShC-ja të bëhen përmes trasnferit bankar, përveç shpenzimeve të vogla për të cilat është e pamundur që të realizohet transfer bankar. Të gjitha pagesat duhet të bëhen vetëm në bazë të faturave ose kontratave mbi shërbime, ndërsa secila pagesë duhet të autorizohet nga drejtori ekzekutiv dhe menaxheri financiar. Për të gjitha transaksionet financiare duhet të mbahen librat e kontabilitetit, ndërsa organizata duhet të prodhojë raporte të rregullta për të gjitha të hyrat dhe pagesat (së paku një herë në vit).

Organizatat me status të përfitimit publik që kanë qarkullim vjetor mbi 100.000 euro janë të obliguara t’i nënshtrohen auditimit vjetor nga auditorë të pavarur dhe të certifikuar. Po ashtu, preferohet që edhe organizatat të cilat nuk kanë status të përfitimit publik të bëjnë auditime të rregullta të projekteve dhe organizatës.