Në Kosovë, ligji bazë për qeverisjen e OJQ-ve është Ligji për Lirinë e Asociimit në OJQ (Ligji nr. 04/L-57), i cili përcakton elementet kryesore të themelimit, organizimit, qeverisjes së brendshme dhe shuarjes së OJQ-ve, si dhe elementet kryesore të statusit për përfitim publik. Ky ligj është i bazuar në parimet ndërkombëtare të së drejtës jo për përfitim (“non-for-profit law”), ndërsa përgjegjës kryesor për zbatimin e këtij ligji është Departamenti për Regjistrim dhe Ndërlidhje me OJQ në Ministrinë e Administratës Publike.

Ky ligj ndalon, sipas nenit 4, shpërndarjen e të ardhurave neto dhe fitimit, në mënyrë që të ulë mundësinë e keqpërdorimit të privilegjeve që vijnë me statusin e OJQ-ve. Sipas nenit 14 të këtij ligji, “asnjë anëtari të organit drejtues nuk i lejohet të marrë pjesë në diskutim apo në marrjen e vendimit për çështje ku ai ka interes direkt apo indirekt ekonomik”, që të mënjanohet çdo mundësi e konfliktit të interesit. Neni 16, i cili rregullon mënyrën e menaxhimit të pasurisë dhe të mjeteve të OJQ-ve, definon se prej nga mund të financohen OJQ-të. Ky nen po ashtu shpjegon se OJQ-të mund të angazhohen në aktivitete ekonomike, profiti i të cilave përdoret për t’i shërbyer qëllimit të ekzistimit të OJQ-së dhe se OJQ-të mund të menaxhojnë pronë dhe pasuri për të realizuar qëllimet e veta jofitimprurëse. Neni 17 i këtij ligji ka implikime të rëndësishme për çështjet fiskale të OJQ-ve. Ky ligj përcakton se si OJQ-ja në Kosovë mund të fitojë statusin e përfituesit publik, status ky i nevojshëm për të përfituar nga privilegjet fiskale për OJQ-të.

Ligji për Lirinë e Asociimit në Organizata Joqeveritare në Kosovë thotë që OJQ-ve që veprojnë në Kosovë u lejohet të angazhohen në aktivitete ekonomike nëse këto mbështesin veprimtarinë e tyre jofitimprurëse dhe në qoftë se të ardhurat e realizuara përdoren vetëm për përmbushjen e qëllimeve themelore të OJQ-së. Pra, përfitimi nga aktivitetet ekonomike është i ligjshëm, megjithatë, duhet t’i nënshtrohet këtij kufizimi. Kjo nënkupton se OJQ-ve nuk u lejohet të bëjnë shpërndarjen e të ardhurave neto dhe fitimeve tek personat privatë, të cilët janë në pozitë të kontrollojnë organizatën për përfitime personale, si: themeluesi, drejtori, punëtori apo donatori. Ndërsa obligimet që rrjedhin prej një kontrate, si paga ose kompensimi i arsyeshëm për personat që janë të angazhuar për organizatën, janë legale dhe pranohen sipas këtij neni.

Të gjitha OShC-të që shfrytëzojnë mjete financiare për aktivitetet e tyre duhet të kenë menaxhim financiar të duhur. Në përgjithësi, duhet të respektohen parimet ndërkombëtare të kontabilitetit, si dhe legjislacioni në fuqi në Kosovë. Secila OShC e regjistruar duhet të ketë xhirollogari bankare dhe të gjitha të hollat (donacionet) t’i pranojë vetëm nëpërmjet bankës. Gjithashtu duhet të synohet që të gjitha pagesat të bëhen nëpërmjet bankës, përveç shpenzimeve të imta, të cilat është e pamundur të paguhen me bankë. Të gjitha pagesat duhet të bëhen vetëm në bazë të faturave të rregullta ose kontratave mbi shërbime, ndërsa secila pagesë duhet të autorizohet nga drejtori ekzekutiv dhe menaxheri financiar.

Për të gjitha transaksionet financiare duhet të mbahen librat e kontabilitetit (zakonisht në programe specifike financiare), ndërsa organizata duhet të prodhojë raporte të rregullta për të gjitha të hyrat dhe pagesat (minimumi një herë në vit). Raportet duhet të dorëzohen dhe të aprovohen nga organi më i lartë i organizatës, ndërsa preferohet që ato të jenë publike. Organizatat me Status të Përfitimit Publik që kanë qarkullim vjetor mbi 100.000 euro janë të obliguara t’i nënshtrohen auditimit vjetor nga auditorë të pavarur të certifikuar, ndërsa preferohet që edhe organizatat e tjera të bëjnë auditime të rregullta të projekteve dhe të gjithë organizatës. Organizatat me qarkullim më të madh të mjeteve preferohet që të kenë rregullore të veçantë financiare, në të cilën përcaktohen të gjitha rregullat e detajuara të procedimit financiar për të gjitha rastet e mundshme të të hyrave dhe pagesave.

Bërja publike e veprimtarisë dhe mjeteve të shfrytëzuara është parim i përgjithshëm i qeverisjes së mirë, ndërsa niveli i hapjes për publikun dallon nga lloji dhe veprimtaria e organizatës.

Bazuar në parimet ndërkombëtare, por edhe në Ligjin për OJQ, OJQ-të mund të jenë organizata për përfitim publik (public benefit organizations) ose organizata për interes të ndërsjellë (mutual benefit organizations). Elementi kryesor që i ndan këto organizata është se interesit të kujt i shërben puna e asaj organizate. Në rastet kur organizata ka për qëllim punën në interes të fushave të ndryshme që konsiderohen si “e mirë e përgjithshme/publike – e mirë për gjithë shoqërinë ose për një pjesë të konsiderueshme të shoqërisë”, atëherë ato kanë të drejtë të marrin statusin e përfitimit publik. Ligji për OJQ përmban një listë të gjërë të aktiviteteve, të cilat konsiderohen si interes publik, si p.sh. të drejtat e njeriut, mbrotja e ambientit, avancimi i të drejtave të personave me nevoja të veçanta, integrimi europian, etj. Në rastet kur organizata synon avancimin e interesave të anëtarëve të saj, por që jo patjetër është edhe interes i përgjithshëm i shoqërisë, atëherë kjo organizatë cilësohet si organizatë e interesit të ndërsjellë. P.sh. Shoqata e koleksionuesve të pullave postale mbledh së bashku të gjithë ata që e kanë një interes të tillë, mirëpo interesi i tyre nuk paraqet interes për gjithë shoqërinë e Kosovës. Ngjashëm, Shoqata e peshkatarëve synon që t’i avancojë të drejtat e anëtarëve të saj, mirëpo ky interes nuk është patjetër edhe interes i përgjithshëm i shoqërisë kosovare.

Në këtë drejtim, organizatat me status të përfituesit publik, për shkak që kontribuojnë në të mirën e përgjithshme të shoqërisë, duhet të përfitojnë lehtësime dhe ndihmë të ndryshme nga shteti, si p.sh. fonde publike, lehtësime tatimore, shfrytëzim pa pagesë të hapësirave të ndryshme publike, etj. Paralelisht, për shkak të përfitimit të këtyre benefiteve nga shteti, ato i nënshtrohen një kontrolli të caktuar financiar dhe përmbajtjesor dhe janë të obliguara të raportojnë rregullisht në Departamentin për Regjistrim dhe Ndërlidhje me OJQ (DRNOJQ). Megjithatë, në Kosovë aktualisht këto organizata nuk kanë ndonjë përfitim konkret nga shteti, edhe pse vazhdojnë të jenë të obliguara të raportojnë rregullisht për punën e tyre. Përkundrazi, organizatat për interes të ndërsjellë nuk obligohen që të raportojnë te organet shtetërore, përveç në Administratën Tatimore të Kosovës sikurse të gjitha subjektet e tjera juridike që kanë transaksione të ndryshme financiare.

Përveç Ligjit për Lirinë e Asociimit në OJQ (Ligji nr. 04/L-57), OJQ-të i nënshtrohen edhe pjesës tjetër të legjislacionit në fuqi, varësisht nga puna e tyre. P.sh. OJQ-të i nënshtrohen Ligjit për Tatimet në të Ardhurat Personale, sa herë që bëjnë pagesa për stafin e tyre, i nënshtrohen Ligjit për Qasje në Dokumente Publike, sa herë që kërkojnë informata nga organet e administratës publike, i nënshtrohen Rregullores së Punës së Qeverisë, sa herë që marrin pjesë në draftimin e ligjeve dhe politikave të ndryshme në nivel qeveritar, etj. Megjithatë, në Kosovë korniza ligjore për funksionimin e mirëfilltë të OJQ-ve ende mbetet e paplotësuar.